Puesta a punto de un marcador molecular para identificar la presencia del alelo alcobaça en el tomate De colgar

Abstract

El tomate De colgar o De penjar es un tipo varietal o conjunto de variedades muy populares en todo el arco mediterráno español. Se trata de un tomate que ha sido seleccionado por los agricultores y que es apreciado por su jugosidad, sabor y especialmente por su facilidad de ser restregado en el pan. Su nombre deriva de las técnicas tradicionales de los agricultores, que cuelgan en la pared racimos de tomates cosidos por sus cálices o pedúnculos, y donde pueden llegar a permanecer largo tiempo sin perder su calidad y textura. Esto se debe a la presencia de un gen de larga vida en su ADN, conocido como alelo alcobaça (alc), el cual se asocia a la ralentización de la maduración postcosecha. En el presente trabajo, se ha diseñado un marcador molecular que permitirá controlar el alelo alc en laboratorio en un proceso rápido, preciso y de bajo coste. Para ello, se ha transformado un marcador CAPS, basado en un SNP entre los alelos alc y ALC, en un marcador para la técnica HRM. Se han realizado diversas pruebas para optimizar la PCR y el melting, con el objetivo de diferenciar inequívocamente los individuos homocigotos y heterocigotos. Este marcador será de gran utilidad para el genotipado de una gran colección de tomate De colgar, permitiendo identificar las accesiones con el alelo alc sin necesidad de realizar largos estudios postcosecha

The De colgar or De penjar tomato is a varietal type or group of varieties very popular in the Spanish Mediterranean coast. It is a tomato selected by farmers and apreciated for its juiciness, flavour and especially for its case of being rubbed into bread. Its name derives from the traditional techniques developed by the farmers, since they hang in the wall bunches of tomatoes sewn by their stalks, where they can stay for a long time without depreciation in quality or texture. This is explained by the presence of a long-life gene in its DNA known as alcobaça (alc) allele, which performances slowing down postharvest ripening. In currently work, we have designed a molecular marker that will allow to control the alc allele in the laboratory in a fast, accurate and low-cost procedure. For this, we converted a CAP marker, based on a SNP between alc and ALC alleles, into a marker for HRM method. We performed several experiments to optimise the PCR and melting, with the aim to unequivocally distinguish the homozygous and heterozygous samples. This marker will be very useful to genotyping a great De colgar tomato collection, allowing identify the accessions carrying the alc allele without the need to perform long postharvest studies