Idoneidad de las aproximaciones ómicas en estudios oncológicos a partir de tejido fijado y parafinado

Abstract

El glioblastoma (GBM) es uno de los tumores cerebrales más agresivos y de peor pronóstico en la actualidad, lo que resalta la importancia clínica del uso de biomarcadores fiables para su diagnóstico y seguimiento. En los últimos años, se ha prestado una mayor atención a los efectos que el proceso de fijación y embebido en parafina (FFPE) puede tener sobre el material genético, y cómo estos pueden comprometer la fiabilidad de ciertos biomarcadores moleculares. En este estudio se ha llevado a cabo un análisis bioinformático de más de 30.000 genes procedentes de tejido fresco y más de 40.000 de tejido parafinado, con el objetivo de identificar posibles diferencias estructurales y funcionales en el ARN que puedan influir en su susceptibilidad al proceso de parafinado. Algunos de los resultados obtenidos fueron validados experimentalmente mediante PCR a tiempo real (qPCR). Además, se analizaron los perfiles de metilación en sitios CpG de ambos tipos de tejido, con el fin de evaluar si existen variaciones epigenéticas que puedan contribuir a las diferencias observadas. Glioblastoma (GBM) is one of the most aggressive and with the worst prognosis cerebral tumor nowadays, highlighting the clinical importance of reliable biomarkers for its diagnosis and monitoring. In recent years, the effects of the fixation and paraffin-embedding process (FFPE) on the genetic material and how this process may compromise the reliability of certain biomarkers have been considered. In this study, a bioinformatic analysis of more than 30.000 genes from fresh tissues and more than 40.000 genes from paraffin-embedded tissues was carried out to identify if there are structural and functional differences in RNA that may influence their susceptibility to the paraffin-embedded process. Some of these results were experimentally validated by real-time PCR (qPCR). Moreover, metylation profiles of CpG sites from both tissue types were analyzed in order to evaluate whether there are epigenetic variations that may contribute to the observed differences.