Estudio de resistencias a antimicrobianos en Turkana (Kenia)

Abstract

Introducción: las resistencias a antimicrobianos (RAM) se han considerado como uno de los principales problemas de salud pública a nivel mundial, y se ha advertido un desequilibrio entre el nivel creciente de RAM frente a la investigación actual en el tema. Aunque la incidencia de las RAM está globalmente distribuida, ésta es mayor en regiones pobres como el condado de Turkana (Kenia), lugar en el que se desarrolla nuestro estudio. En respuesta a estos hechos, el objetivo de este trabajo es conocer la situación de resistencias a antibióticos en Turkana, así como los mecanismos moleculares que subyacen a estas, en los procesos infecciosos que se atienden durante las campañas quirúrgicas de la ONG Cirugía en Turkana llevadas a cabo en los hospitales de Lodwar y Kákuma en 2024 y 2025. Métodos: tras la recogida de muestras de los pacientes con sospecha de procesos infecciosos se realizó el aislamiento, la identificación y el estudio de resistencias en dos etapas con diferentes herramientas: una primera etapa en terreno con identificación fenotípica y estudio de sensibilidad por difusión en placa; y una segunda etapa en España (en la UMH) con identificación molecular y estudio del resistoma mediante la secuenciación del genoma completo de cepas seleccionadas y su comparación con la base de datos MEGAes. Resultados: se procesaron 59 aislamientos. Identificamos 9 géneros diferentes, entre los que destacaron Staphylococcus spp. (42,37%) y Enterobacterias lactosa positivas (25%). Las especies más frecuentes fueron Staphylococcus aureus (37,29%), Pseudomonas aeruginosa y Klebsiella pneumoniae (ambas un 8,75%). Un 38’98% de los aislamientos resultaron multirresistentes (MDR), entre ellos, los más representativos fueron Escherichia spp., Citrobacter spp. y Enterococcus spp con el 100% de MDR. Los antimicrobianos con mayor tasa de resistencias fueron Amoxicilina, Trimetoprima-Sulfametoxazol y Cefazolina. En el estudio del resistoma, de 9 cepas consideradas MDR, se hallaron un total de 706 genes relacionados con resistencias a antimicrobianos, entre los que predominaron las bombas de eflujo, las betalactamasas y otros genes específicos a aminoglucósidos y elfamicinas. Discusión: los resultados confirman la presencia de una elevada tasa de multirresistencia bacteriana en Turkana, especialmente frente a antibióticos de uso habitual. La alta proporción de genes de resistencia detectados con el resistoma respalda en parte los hallazgos fenotípicos. No obstante, se han observado discrepancias entre métodos genotípicos y fenotípicos, lo que subraya la necesidad de emplear técnicas complementarias en el estudio de las RAM. Conclusiones: existe una alta carga de resistencia antimicrobiana en Turkana, lo cual aporta la necesidad de reforzar el diagnóstico y la vigilancia de RAM en zonas con recursos limitados.

Introduction: Antimicrobial resistance (AMR) is considered one of the leading global public health concerns, with a growing mismatch between the rising prevalence of AMR and the pace of current research in this field. Although AMR is globally distributed, its incidence is higher in low-resource regions such as Turkana Country (Kenya), where our study was conducted. In response to this situation, the aim of this study is to assess the antibiotic resistance landscape in Turkana and to explore the underlying molecular mechanisms involved in infectious processes treated during the surgical campaigns carried out by the NGO Cirugía en Turkana in the hospitals of Lodwar and Kakuma in 2024 and 2025. Methods: after collecting samples from patients with suspected infectious processes, bacterial isolation, identification, and resistance analysis were carried out in two stages using different tools: a first stage in the field, with phenotypic identification and antibiotic susceptibility testing by disk diffusion; and a second stage in Spain (at UMH), where molecular identification and resistome analysis were performed by whole-genome sequencing of selected strains and comparison with the MEGARes database. Results: a total of 59 bacterial isolates were processed. Nine different genera were identified, with Staphylococcus spp. (42.37%) and lactose-positive Enterobacteriaceae (25%) being the most frequent. The most common species were Staphylococcus aureus (37.29%), Pseudomonas aeruginosa, and Klebsiella pneumoniae (both 8.75%). Multidrug resistance (MDR) was observed in 38.98% of the isolates, with Escherichia spp., Citrobacter spp., and Enterococcus spp. showing 100% MDR. The antibiotics with the highest resistance rates were amoxicillin, trimethoprim-sulfamethoxazole, and cefazolin. In the resistome analysis of 9 MDR strains, 706 resistance-related genes were identified being predominantly associated with efflux pumps, β-lactamases, and specific genes for aminoglycosides and elfamycins. Discussion: the findings confirm a high rate of bacterial multidrug resistance in Turkana, particularly against commonly used antibiotics. The large number of resistance genes detected in the resistome partially supports the phenotypic methods, highlighting the need to use complementary approaches in AMR studies. Conclusions: there is a high burden of antimicrobial resistance in Turkana, underlining the need to strengthen diagnostic capacity and AMR surveillance in resource-limited settings.