Análisis de la introducción del exoma en la guía de asistencia al embarazo en casos con diagnóstico de anomalías morfológicas fetales

Abstract

INTRODUCCIÓN: El diagnóstico prenatal tiene como objetivo la detección "in útero" de los defectos congénitos, estimando el riesgo de cromosomopatías y permitiendo así que la familia decida si continuar o no con la gestación. Existen varios métodos de screening de aneuploidías: la translucencia nucal (TN), el cribado combinado o CCPT y, la determinación del ADN-Ic o Test Prenatal No Invasivo (TPNI) y; cuando sus resultados indican un riesgo elevado de anomalías cromosómicas se utilizan pruebas invasivas para su diagnóstico definitivo, entre las que destacan la amniocentesis y la biopsia de vellosidades coriónicas. Sobre las muestras fetales obtenidas mediante dichos procedimientos, se pueden realizar diversos estudios genéticos con diferentes técnicas: QF-PCR, cariotipo por cultivo corto o método semidirecto en vellosidades coriales, cariotipo por cultivo largo, microarray, estudios moleculares específicos y/o estudios de reserva de ADN como el panel génico NGS (next generation sequencing) o el exoma. Estos estudios de reserva de ADN se corresponden con técnicas avanzadas de secuenciación que están siendo cada vez más incorporadas en la atención médica y, en concreto, en el diagnóstico de patología fetal. OBJETIVO: Analizar el impacto que ha supuesto la introducción de los paneles dirigidos y el exoma en el protocolo de estudio de las anomalías ecográficas fetales. MATERIAL Y MÉTODOS: Se ha llevado a cabo el análisis de 20 casos de exoma realizados en el Hospital Universitario de San Juan de Alicante, obteniéndose a su vez información a través de una búsqueda bibliográfica en diferentes bases de datos como PubMed, Scielo, UptoDate, Elsevier y Guías Clínicas de GapSEGO. RESULTADOS: Se estudian 20 casos de exoma de los cuales, hay 5 patológicos que no fueron identificados como anómalos mediante las técnicas habituales, es decir, gracias al exoma se objetivaron alteraciones genéticas en el 25% de los casos, suponiendo la interrupción del 20% de los embarazos debido al mal pronóstico fetal. DISUSIÓN: En la mayoría de los casos, la interpretación de los datos de secuenciación del exoma requiere comparar las variantes genéticas identificadas con los hallazgos fenotípicos. Según los datos de nuestro estudio, las pruebas moleculares fueron diagnósticas en el 25% de los casos, teniendo en cuenta que incluso mediante la combinación de diversas técnicas no se puede garantizar la identificación de una variante genética causal en todos los casos y, que las pruebas genéticas avanzadas de secuenciación no tienen la capacidad de detectar ciertas anomalías. Por otro lado, se evidencia que existe un interés creciente en la introducción de dichas estrategias de secuenciación en la práctica clínica de la medicina prenatal debido al aumento en el rendimiento diagnóstico ante el hallazgo de anomalías congénitas, mejorando así la información de pronóstico fetal que podría ofrecerse para los embarazos presentes y futuros. CONCLUSIONES: Se confirma la gran importancia de la aplicación del estudio del exoma como estrategia para aumentar el diagnóstico prenatal de anomalías genéticas, ofreciendo la posibilidad de interrupción legal del embarazo en caso de mal pronóstico fetal.

INTRODUCTION: Prenatal diagnosis aims at detecting congenital defects “in utero”, estimating the risk of prenatal chromosomopathy and thus allowing the family to decide whether or not to continue with the pregnancy. There are several methods of screening for aneuploidy: nuchal translucency (NT), combined screening or CCPT and determination of prenatal cell-free DNA or non-invasive prenatal test (NIPT). When the results indicate a high risk of chromosomal abnormalities, invasive tests are used for definitive diagnosis, including amniocentesis, chorionic villus sampling or cordocentesis. On fetal samples obtained by these procedures, various genetic studies can be performed with different techniques: QF-PCR, karyotyping by short culture or semi-direct method in chorionic villi, karyotyping by long culture, microarray, specific molecular studies and/or DNA reserve studies such as the NGS (next generation sequencing) gene panel or the whole exome. These DNA reserve studies correspond to advanced sequencing techniques that are increasingly being incorporated in medical care and, in particular, in the diagnosis of fetal pathology. OBJECTIVE: To analyze the impact of the introduction of targeted panels and the whole exome in the protocol for the study of fetal ultrasound anomalies. METHODS: The analysis of 20 cases of exoma performed at the Hospital Universitario de San Juan de Alicante was carried out, obtaining information through a bibliographic search in different databases such as PubMed, Scielo, UptoDate, Elsevier and GapSEGO Clinical Guides. RESULTS: Twenty cases of exome were studied, of which five were pathological and were not identified as abnormal by the usual techniques, i.e., thanks to the exome, genetic alterations were found in 25% of the cases, leading to the interruption of 20% of the pregnancies due to poor fetal prognosis. DISCUSION: In most cases, interpretation of exome sequencing data requires comparison of identified genetic variants with phenotypic findings. According to the data from our study, molecular tests were diagnostic in 25% of the cases, taking into account that even by combining various techniques, the identification of a causal genetic variant cannot be guaranteed in all cases and that advanced genetic sequencing tests do not have the capacity to detect certain anomalies at the cardiac level. On the other hand, it is evident that there is a growing interest in the introduction of such sequencing strategies in the clinical practice of prenatal medicine due to the increased diagnostic yield in the finding of congenital anomalies, thus improving the fetal prognostic information that could be offered for present and future pregnancies. CONCLUSIONS: It is confirmed the great importance of the application of exome sequencing as a strategy to increase prenatal diagnosis of genetic anomalies, offering the possibility of legal termination of pregnancy in case of poor fetal prognosis.