Cartografía mediante secuenciación de un mutante albino de Arabidopsis thaliana

Abstract

En este Trabajo de Fin de Grado hemos iniciado la clonación de un gen de Arabidopsis thaliana mediante una estrategia denominada cartografía mediante secuenciación. Este gen fue identificado gracias a una mutación recesiva, inducida mediante metanosulfonato de etilo (EMS), que causa albinismo y letalidad en el estadio de plántula. Para identificar el gen, clasificamos los individuos F2 de una población cartográfica en dos grupos, según su fenotipo silvestre o mutante. Tras purificar el ADN genómico a partir de las plantas de cada grupo, ambas muestras fueron secuenciadas con la plataforma Illumina HiSeq 2500 de secuenciación masivamente paralela. El análisis bioinformático de las secuencias obtenidas en ambos grupos de plantas nos ha permitido identificar una mutación puntual que daña el sitio aceptor del procesamiento de los intrones del gen At2g04030, que codifica uno de los 7 miembros de la familia HSP90 de proteínas de choque térmico de Arabidopsis thaliana

In this work, we have started a mapping-by-sequencing approach to clone a gene of Arabidopsis thaliana. This gene was first defined by a recessive, ethylmethane sulfonate (EMS)-induced mutation that causes albinism and lethality at the seedling stage. To identify the gene, we classified and pooled the individuals from an F2 mapping population according to their phenotypes (wild-type or mutant). We purified genomic DNA from the plants of both pools, and the two samples were sequenced using the Illumina HiSeq 2500 next-generation sequencing platform. The bioinformatic analysis of the sequences from both pools has allowed us to identify a point mutation that damages a conserved residue at the acceptor site of an intron of the At2g04030 gene, which encodes a member of the HSP90 family of heat-shock proteins in the genome of Arabidopsis thaliana.