Evaluation of amplified fragment length polymorphism and simple sequence repeats for tomato germplasm fingerprinting: utility for grouping closely related traditional cultivars

Abstract

Cultivated tomato (Solanum lycopersicum L.) germplasm shows limited genetic variation. Many DNA marker systems have been used for genetic diversity studies in wild and cultivated tomatoes, but their usefulness for characterizing phenotypic differences among very closely related cultivars remains uncertain. We have used 19 selected simple sequence repeat (SSR) markers and 7 amplified fragment length polymorphism (AFLP) primer combinations to characterize 48 cultivars of tomato, mainly traditional cultivars from the south-east of Spain. The main types were Solanum lycopersicum L. ‘Muchamiel’, ‘De la pera’, and ‘Moruno’. The robustness of the dendrograms and the discrimination power reached with each marker type were similar. Unique fingerprinting even of the most closely related tomato cultivars could be obtained using a combination of some SSR and AFLP markers. A better grouping of the ‘Muchamiel’ cultivars was observed with SSR markers, whereas the grouping of cultivars of ‘De la pera’ type was best achieved with AFLPs. However, both types of markers adequately grouped cultivars of the main types, confirming the utility of SSR and AFLP markers for the identification of traditional cultivars of tomato.

Chez la tomate cultivée (Lycopersicum esculentum L.), les ressources génétiques montrent une variation gé- nétique limitée. Plusieurs types de marqueurs moléculaires ont été employés dans le cadre d’études de diversité génétique chez les tomates cultivées et sauvages, mais leur utilité pour déceler des différences phénotypiques parmi descultivars très apparentés demeure incertaine. Les auteurs ont choisi 19 microsatellites et 7 combinaisons d’amorces AFLP pour caractériser 48 cultivars de tomate, principalement des cultivars traditionnels du sud-est de l’Espagne. Les principaux types étaient ‘Muchamiel’, ‘De la pera’ et ‘Moruno’. La robustesse des dendrogrammes et la puissance de discrimination obtenue avec les deux types de marqueur étaient semblables. Des empreintes uniques, même parmi les cultivars les plus proches, ont été obtenues avec une combinaison de marqueurs microsatellites et AFLP. Un meilleur groupement des cultivars ‘Muchamiel’ a été observé avec les microsatellites, tandis que le groupement des cultivars du type De la pera était supérieur avec les AFLP. Néanmoins, les deux types de marqueurs ont permis de grouper adéqua- tement les cultivars au sein des principaux types, ce qui confirme l’utilité des microsatellites et des AFLP pour l’identification de cultivars traditionnels de la tomate.