Secuenciación, ensamblaje de novo y anotación del genoma del cloroplasto del ajo (Allium sativum)

Abstract

En este trabajo, hemos llevado a cabo la secuenciación, el ensamblaje de novo y la anotación del genoma completo del cloroplasto del ajo (Allium sativum L.). La secuenciación fue realizada con un equipo HiSeq 2500 de Illumina, empleando lecturas emparejadas de 101 nucleótidos de longitud. Hemos realizado el ensamblaje de novo de las secuencias obtenidas utilizando el programa Velvet. El genoma del cloroplasto del ajo es una molécula de ADN bicatenario circular, con un tamaño total de 153.131 pares de bases (pb). Está constituido por dos repeticiones invertidas (IRa e IRb; inverted repeats), de 26.492 pb cada una, que separan la región de copia única pequeña (SSC; small single copy), de 18.042 pb, de la región de copia única grande (LSC; large single copy), de 82.105 pb. Hemos determinado que el genoma contiene 136 genes funcionales (incluyendo 90 genes que codifican proteinas, 38 genes de ARN de transferencia y 8 ARN ribosómicos) y 6 pseudogenes. Por último, hemos llevado a cabo un análisis filogenético con las secuencias de aminoácidos de 17 proteínas conservadas (todas ellas codificadas en el genoma del cloroplasto) de 14 especies de plantas monocotiledóneas y dicotiledóneas, para determinar la historia evolutiva de Allium sativum

In this work, we report the sequencing, de novo assembly and annotation of the complete chloroplast genome of garlic (Allium sativum L.). The genome was sequenced using the Illumina HiSeq 2500 next-generation sequencing platform, using 101-bp paired-end reads. The sequence was assembled using Velvet software. The chloroplast genome of garlic is a circular, double-stranded DNA molecule with a total length of 153,131 base pairs (bp), which consists of two inverted repeats (IRa and IRb; 26,492 bp each) that are located between a small single copy region (SSC; 18,042 bp) and a large single copy region (LSC; 82,105 bp). The annotation uncovered 136 functional genes (including 90 protein-coding genes, 38 transfer RNA genes, and 8 ribosomal RNA genes) and 6 pseudogenes. Finally, we performed a phylogenetic analysis with the amino acid sequences of 17 conserved, plastidencoded proteins from 14 different plant species, including monocots and dicots, in order to investigate the evolutionary history of Allium sativum