Evaluación de cambios en la microbiota intestinal en pacientes con enfermedad de Crohn tras tratamiento con anti-TNF alfa

Abstract

Objetivo: La disbiosis intestinal es clave para el origen y desarrollo de la enfermedad de Crohn (EC). El tratamiento anti-TNF ha cambiado el pronóstico de la EC, consiguiendo la curación de la mucosa, desconociéndose si ésta se correlaciona con cambios en la composición de la microbiota. Se plantea evaluar los cambios en la microbiota en la EC pre y tras seis meses con anti-TNF, comparándolos con sujetos sanos, además de calcular el ratio Faecalibacterium prausnitzii/Escherichia coli (F/E) como indicador de respuesta terapéutica y evaluando si estos cambios se producen hacia la recuperación de la microbiota normal.

Métodos: Estudio observacional prospectivo multicéntrico, en 27 pacientes con EC que iniciaron tratamiento con anti-TNF y 16 individuos sanos. Se determinó actividad inflamatoria mediante índice de Harvey-Bradshaw (IHB), proteína C reactiva y calprotectina fecal (CF) al inicio, tres y seis meses, clasificando a los pacientes en respondedores y no respondedores. Se evaluó la microbiota fecal y su evolución antes y tras seis meses de tratamiento anti-TNF, mediante secuenciación genómica masiva analizando la composición bacteriana y la diversidad alfa y beta, además del ratio F/E por PCR digital.

Resultados: En la cohorte con EC se observa pérdida de géneros pertenecientes a la clase Clostridia, productores de ácidos grasos de cadena corta y aumento del filo Proteobacteria (p<0.01), especialmente por el aumento de los géneros Escherichia/Shigella frente a la cohorte de sanos. Tras el tratamiento anti-TNF aumentó también el filo Proteobacteria en no respondedores frente a respondedores (13/27) (p<0.005), aumentando la clase Clostridia (destacando esta vez el género Faecalibacterium), observándose también el incremento de la diversidad alfa frente a no respondedores (p<0.01), tendiendo hacia la microbiota presente en los sujetos sanos. Existe asociación (p<0.001) en la relación F/E entre respondedores y no respondedores. La relación F/E es el biomarcador de mayor precisión de respuesta a anti-TNF (área bajo la curva 0.87).

Conclusión: El tratamiento con anti-TNF permite la restauración parcial de la microbiota intestinal en respondedores con tendencia hacia la eubiosis frente a no respondedores. La relación F. prausnitzii/E. coli puede proporcionar un indicador fiable de respuesta a anti-TNF en enfermedad de Crohn.